The most frequent methods used for DNA methylation analysis

Česká verzia

Authors: Marcela Chmelařová; Vladimír Palička
Authors place of work: Univerzita Karlova v Praze, Lékařská fakulta a FN Hradec Králové, Ústav klinické biochemie a diagnostiky
Published in the journal: Čas. Lék. čes. 2011; 150: 442-445
Category: Přehledové články

Summary

There is an important relationship between the degree of DNA methylation and gene activity in cancer. Number of techniques of DNA methylation analysis has been reported. The aim of this study was to review methodologies that can be used to monitoring DNA methylation changes. We reviewed techniques important for monitoring of DNA methylation changes of CpG islands in gene promoter regions. Advantages, disadvantages and potential use of these techniques are described.

Key words:
DNA hypermethylation, bisulfite conversion, MSP, MS-MLPA.

Zdroje

1. Mareš J, Sedláček Z, Goetz P. Metylace DNA a nádorová onemocnění. Čas Lék čes 2000; 139(10): 291–294.

2. Esteller M. Epigenetics in Cancer. N Engl J Med 2008; 358(11): 1148–1159.

3. Bird A. DNA methylation patterns and epigenetic memory. Genes Dev 2002; 16(1): 6–21.

4. Herman JG, Graff JR, Myöhänen S, Nelkin BD, Baylin SB. Methylation-specific PCR: a novel PCR assay for methylation status of CpG islands. Proc Natl Acad Sci USA 1996; 93(18): 9821–9826.

5. Dejeux E, El Abdalaoui H, Gut IG, Tost J. Identification and quantification of differentially methylated loci by the pyrosequencing technology. Methods Mol Biol 2009; 507 : 89–205.

6. Wojdacz TK, Dobrovic A. Methylation-sensitive high resolution melting (MS-HRM): a new approach for sensitive and high--throughput assessment of methylation. Nucleic Acids Res 2007; 35(6): e41.

7. Waalwijk C, Flavell RA. MspI, an isoschizomer of hpaII which cleaves both unmethylated and methylated hpaII sites. Nucleic Acids Res 1978; 5(9): 3231–3236.

8. von Kanel T, Gerber D, Schaller A, Baumer A, Wey E, Jackson CB, Gisler FM, Heinimann K, Gallati S. Quantitative 1-step DNA methylation analysis with native genomic DNA as template. Clin Chem 2010; 56(7): 1098–1106.

9. Nygren AO, Ameziane N, Duarte HM, Vijzelaar RN, Waisfisz Q, Hess CJ, Schouten JP, Errami A. Methylation-specific MLPA (MS-MLPA): simultaneous detection of CpG methylation and copy number changes of up to 40 sequences. Nucleic Acids Res 2005; 33(14): e128.

10. Thu KL, Pikor LA, Kennett JY, Alvarez CE, Lam WL. Methylation analysis by DNA immunoprecipitation. J Cell Physiol 2010; 222(3): 522–531.

Štítky

Adiktológia Alergológia a imunológia Angiológia Audiológia a foniatria Biochémia Dermatológia Detská gastroenterológia Detská chirurgia Detská kardiológia Detská neurológia Detská otorinolaryngológia Detská psychiatria Detská reumatológia Diabetológia Farmácia Chirurgia cievna Algeziológia Dentální hygienistka

Článek Reaktivní kyslíkové a dusíkové sloučeniny v klinické medicíně

Článek Současné možnosti léčení poranění pánevního kruhu

Článek Klinický význam nemoci spojené s imunoglobuliny IgG4

Článek Antiepileptické léky a lékové interakce: klinická kazuistika

Článek Udělení Ceny Jana Evangelisty Purkyně

Článek Naše zkušenosti s maravirocem u HIV pozitivních pacientů

Článek Plánované akce odborných složek ČLS JEP

Článek Hazard u dětí a dospívajících

Článek Hygiena ženy II Doba rudolfínská

Článek XI. jihočeské Timrovy dnyHluboká nad Vltavou, 21.–22. dubna 2011

Článek VI. sympozium o léčbě bolesti* Brno, 29.–30. dubna 2011

Článek 26. pracovní dny – Dědičné metabolické poruchy Mikulov, 11–13. května 2011