The use of microRNA biomarkers by the TT-PCR method for the diagnosis of COVID-19
Využití biomarkerů microRNA metodou TT-PCR pro diagnostiku COVID-19
Cíl studie: Identifikace a kvantifikace prediktivních microRNA (miRNA) markerů umožňujících včasnou diagnostiku COVID-19.
Typ studie: prospektivní
Název a sídlo pracoviště: Ústav laboratorní medicíny, Fakultní nemocnice Ostrava, 17. listopadu 1790/5, 708 52 Ostrava Poruba
Materiál a metody: Do studie bylo zařazeno osm pacientů, kteří se nakazili virem SARS-CoV-2, a byli sledováni v čase. Odběr vzorků (krevní sérum a výtěr z nosohltanu) byl proveden na Klinice infekčního lékařství a Klinice anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny Fakultní nemocnice Ostrava. Stanovení microRNA bylo provedeno metodou Two-Tailed qPCR (TT-qPCR), izolace microRNA probíhala na izolátoru iCatcher 12 (CatchGene Co.) a pro reverzní transkripci s následnou detekcí byl použit detekční systém CFX96™ Real-Time (Bio-Rad). Ke statistickému zpracování dat byl použit software MS Excel a MedCalc®.
Výsledky: Do studie bylo zařazeno sedm mužů (87,5 %) a jedna žena (12,5 %). Bland-Altmanova analýza neprokázala statisticky významný rozdíl mezi vzorky krevního séra a výtěry z nosohltanu u všech studovaných miRNA. Nejvýznamnější změny v expresi microRNA během onemocnění COVID-19 byly zjištěny u hsa-miR-23a-3p, hsa-miR-146a-5p a hsa-miR-222-3p. Tyto microRNA byly označeny jako potenciální prognostické diagnostické markery na základě shody výsledků dvou statistických testů.
Závěr: Využití TT-qPCR pro kvantifikaci exprese miRNA představuje inovativní a perspektivní strategii v diagnostice CO-VID-19. Identifikace miRNA biomarkerů s dynamickými změnami exprese v průběhu infekce může významně přispět k rozvoji moderních diagnostických nástrojů. Pro potvrzení těchto nálezů a jejich integraci do klinické praxe je však nezbyt-né provést další validace prostřednictvím rozsáhlých klinických studií.
Klíčová slova:
biomarker – SARS-CoV-2 – COVID-19 – microRNA – TT-qPCR
Authors:
D. Štěpán 1; P. Kušnierová 2
Authors‘ workplace:
Ústav laboratorní medicíny, Fakultní nemocnice Ostrava
1; Ústav laboratorní medicíny, Fakultní nemocnice Ostrava a Lékařská fakulta, Ostravská univerzita
2
Published in:
Klin. Biochem. Metab., 32, 2024, No. 3, p. 73-77
doi:
https://doi.org/10.61568/kbm.2024.015
Overview
Objective: Identification and quantification of predictive microRNA (miRNA) markers for early diagnosis of COVID-19.
Design: Prospective
Settings: Department of Laboratory Medicine, University Hospital Ostrava, 17. listopadu 1790/5, 708 52 Ostrava Poruba Material and Methods: Eight patients who were infected with SARS-CoV-2 virus a were tracked over time were included in the study. Sampling (blood serum and nasopharyngeal swab) was performed at the Department of Infectious Medicine and the Department of Anesthesiology, Resuscitation and Intensive Care Medicine of the University Hospital Ostrava. Determination of microRNA was performed by Two-Tailed qPCR (TT-qPCR), isolation of microRNA was performed on the iCatcher 12 isolator (CatchGene Co.) and the CFX96™ Real-Time detection system (Bio-Rad) was used for reverse tran-scription followed by detection. MS Excel and MedCalc® software were used for statistical data processing.
Results: Seven men (87.5%) and one woman (12.5%) were included in the study. Bland-Altman analysis showed no stati-stically significant difference between blood serum samples and nasopharyngeal swabs for all studied miRNAs. The most significant changes in microRNA expression during COVID-19 disease were found in hsa-miR-23a-3p, hsa-miR-146a-5p and hsa-miR-222-3p. These microRNAs were identified as potential prognostic diagnostic markers based on the concor-dance of the results of two statistical tests.
Conclusion: The use of TT-qPCR for quantification of miRNA expression represents an innovative and promising strategy in the diagnosis of COVID-19. Identification of miRNA biomarkers with dynamic changes in expression during infection may significantly contribute to the development of modern diagnostic tools. However, further validation through large-sca-le clinical studies is necessary to confirm these findings and integrate them into clinical practice.
Keywords:
microRNA – biomarker – SARS-CoV-2 – COVID-19 – TT-qPCR
Labels
Clinical biochemistry Nuclear medicine Nutritive therapistArticle was published in
Clinical Biochemistry and Metabolism
2024 Issue 3
Most read in this issue
- RNDr. Hana Benáková, MBA – anniversary
- Omics methods in reality in laboratories
- Possibillities for early detection of pancreatic cancer
- Information on metrological follow-up and the preanalytical phase of omic methods