XV. Hereditární nádorové syndromy

XV/196. Komplexní diagnostika hereditárních nádorových syndromů pomocí NGS panelu BRONCO a dalších molekulárních metod

Blaháková I.1, Helma R.1, Souček P.2, Trizuljak J.3, Beharka R.4, Vrzalová Z.1, Štika J.1, Staňo Kozubík K.1, Doubek M.3, Pospíšilová Š.3

1 CEITEC MU Brno, 2 Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie Brno, 3 Interní hematologická a onkologická klinika LF MU a FN Brno, 4 Ústav lékařské genetiky a genomiky LF MU a FN Brno

Východiska: Nádorová onemocnění jsou hned po kardiovaskulárních chorobách druhou nejčastější příčinou úmrtí v ČR. Přibližně 5–10 % z nich připadá na tzv. hereditární nádorové syndromy, které jsou způsobeny germinálními patogenními variantami v genech asociovaných se zvýšeným rizikem rozvoje určitého nádoru. Hereditární nádorové syndromy v současné době patří mezi nejčastější dědičné nemoci, kdy frekvence výskytu vysoce penetrantních patogenních variant predisponujících ke vzniku tumoru ve zdravé populaci je nejméně 2 %. Soubor pacientů a metody: Do června 2023 jsme na našem pracovišti vyšetřili celkem 1 329 pacientů s podezřením na některý z dědičných nádorových syndromů. Majoritu (47 %) tvořili pacienti s karcinomem prsu nebo vaječníku, pacienti s karcinomem dělohy a endometria (7,5 %) a s kolorektálním karcinomem (7 %). Z ostatních diagnóz byl nejčetnější karcinom slinivky, prostaty, štítné žlázy či zhoubný melanom. Všichni pacienti byli vyšetřeni pomocí NGS panelu BRONCO a u značné části byla provedena také analýza větších genových přestaveb metodou digitální MLPA. V případě variant suspektních z aberantního sestřihu byla pro ověření jejich patogenicity použita RNA analýza, minigene assay a další metody. Výsledky: Kauzální varianta byla u pacientů s karcinomem prsu či vaječníku nalezena ve 20 % případů, u pacientů s karcinomem dělohy a endometria v 17 % případů a u pacientů s kolorektálním karcinomem u 14 % vyšetřených. Byly detekovány také vzácné nádorové syndromy, jako je např. syndrom Li-Fraumeni, Bloomův syndrom či mnohočetná endokrinní neoplazie. U nalezených variant NM_005732.4 (RAD50): c.2525-13T>A a NM_000321.3 (RB1): c.1317C>T jsme prokázali, že způsobují aberantní sestřih, ale jeho molekulární podstatu se podařilo objasnit pouze v jednom případě. Závěr: Odhalení patogenních variant v kauzálních genech je velmi důležité pro výběr optimální léčebné strategie v rámci personalizované medicíny. Znalost patogenních germinálních variant dále významně pomáhá při došetření ostatních zdravých členů rodiny, kterým pak můžeme nabídnout adekvátní profylaxi, screening a poradenství.

Práce byla podpořena grantovým projektem MZ ČR (grant AZV NU20-08-00137), MZ ČR-RVO (FNBr, 65269705) a TA ČR (TN02000109).

XV/339. Improving the diagnostic yield of genetic testing for hereditary cancer syndromes with RNA sequencing

Mišove A., Macháčková E., Házová J., Vašíčková P., Foretová L.

Oddělení epidemiologie a genetiky nádorů, MOÚ Brno

Background: Next-generation DNA sequencing has become the gold standard for genetic testing. However, this technique is accompanied by several technical limitations, including the failure to effectively detect hidden splice-site variants which might account for a significant part of potentially deleterious variants implicated in hereditary cancers. In this project, we focus on this significant diagnostic gap, aiming to enhance the sensitivity and specificity of genetic testing by integrating RNA sequencing into the established DNA sequencing protocols. The objective is not only to identify novel, clinically relevant, transcript-altering pathogenic variants but also to re-evaluate and possibly reclassify variants of unknown significance (VUS), thereby facilitating more precise risk assessment and personalized patient management. Patients and methods: Patients that have met the criteria for genetic testing and that have been previously found to carry a splice-site variant of unknown significance using DNA sequencing and splice prediction tools have been selected. The RNA isolation from whole blood has been performed using three commercially available kits in order to maximize the RNA yield, followed by targeted RNA capture and sequencing of the 226 genes included in the CZECANCA panel. Results: So far, 40 patients have been analyzed. We have confirmed the suspected aberrant splicing for several previously unreported potentially pathogenic variants in several genes (e. g. ATM, MHS2 and BRCA2) and have been able to describe the effect of abnormal mRNA transcripts for variants with previously unavailable RNAseq data. Conclusion: While our laboratory is still in the process of establishing RNA sequencing as a routine diagnostic tool adjunct to conventional DNA sequencing, it is already evident that this method can increase the diagnostic yield of genetic testing. More accurate diagnosis translates into more effective preventive measures, early detection strategies, and personalized treatment approaches, thereby improving clinical outcomes for patients and their relatives.

Supported by Ministry of Health of the Czech Republic: MH CZ –⁠ DRO (MMCI, 00209805) and AZV NU23-03-00150.